Хочу взять материнскую плату Micro-Star MS-7345 P35 Platinum Socket775 <P35> 2xPCI-E+GbLAN+1394 SATA U133 ATX 4DDR-II<PC6400>

Два разъема PCI Express x16 (с работой в режимах 1х16 и 1х4) (поддерживается шина PCI Express v1.0a, поддерживается технология CrossFire).

Может кто-нить подскажет сли в один слот воткнуть видео PCI-Ex16 а в другой Raid-контролер PCI-Ex4 заработает?

Судя по описанию, именно так и должно работать: 1 слот - х16, второй - х4.
Но, с другой стороны, поскольку на мамке есть SATA-контроллер, то RAID должен поддерживаться самой материнкой: Serial ATA RAID 0, RAID 1 RAID 5 и RAID 10 (и не нужен дополнительный контроллер).